動植物防疫檢疫為國際間通行的一項重要措施，其目的在防範有害生物隨著動植物或農、林、畜、漁產品之流通貿易而傳播，同時防治與管制國內重要疫病蟲害的發生蔓延，以確保農業生產安全、綠色資源景觀以及動物和人類的健康。以往我國動植物防疫由行政院農業委員會掌理，而動植物檢疫之政策主管及業務執行，則分屬行政院農業委員會及經濟部商品檢驗局，由於兩者之施政重點有別，前者著重於保障農業生產安全，後者側重在促進產品自由貿易，致事權不一，故相關政策難以落實，而檢疫與防疫亦難免有脫節情況。現動植物防疫檢疫業務終於能將經濟部商品檢驗局動植物檢疫業務移至該會，使動植物防疫檢疫業務合二為一，成立動植物防疫檢疫局，該局定於8月1日開始運作，新辦公室地點設在台北市重慶南路2段51號信誼大樓9樓，電話總機為（02）23431401，該局的成立，乃是我國動植物防疫檢疫業務的新里程碑。

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