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回台南區農業專訊目錄為落實生態維護工作之實施，行政院農委會在86年7月起即將實施之「水旱田利用調整計畫」之「直接給付」項目內列有「生態維護」項目，獎勵農民利用休耕水田「種水」。每公頃稻田給付最高金額可達3萬6千元。
農委會表示，休耕稻田大多不蓄水，造成的影響為地下水補注量減少及降雨流出量增加，如大面積之水田休耕而未妥適管理，對生態環境將會造成不利影響。台灣地區已發現地下水超抽並引起地盤下陷的問題，農委會已注意此問題之嚴重性，積極倡導水稻田生態維護，日前開會研商施行生態維護之原則及作法，會議決定：
一、實施期間以屬於雨季之第二期稻作為主，先以民國86年第2期作為先期試辦。
二、實施時由農田水利會協助會員集團申請，配合各鄉鎮水旱田利用調整計畫，於申請時間內提出。
三、實施地區以彰化縣、雲林縣、屏東縣、嘉義縣及嘉義市符合水旱田利用調整計畫規定可直接給付者為先期試辦地區，其中以彰化縣、雲林縣、嘉義縣及嘉義市高速公路以東地區優先辦理。
四、因屬先期示範舉辦，採集團式申請，集團規模以灌溉系統為單元，其申請面積為該灌溉單區面積70％以上者或同一灌溉系統田區相毗鄰面積達10公頃以上者，視為集團，給予集團獎勵，給付最高金額每公頃3萬6千元。
五、實施時，原則上田埂高度需加高20公分以上，維持田埂不漏水及不崩毀，並將排水缺口填封至高度達12公分以上，其缺口寬度以能保護田埂不崩毀為原則，俾能蓄水。
六、農民同意由農田水利會於休耕期間內，對休耕稻田引灌河川多餘逕流水入田，以增加補注地下水。
為推動水田生態維護及增進地下水補注效能，農委會已於85年及86年度積極進行全省各農田水利會灌區水田之地下水補注功能、調洪功能之調查及評估分級，並將於87年度繼續編列專案計畫，於上述先期試辦地區委請相關農田水利會指定專人或雇用工人管理引灌蓄水及大雨前排水有關事宜，並請學術單位作績效追蹤調查及研究分析，檢討評估其實際功效及效益，以供擴大推廣辦理參考。