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回台南區農業專訊目錄為推動農、林、漁、牧業有機廢棄物之資源化，循環利用養分並解決廢棄物污染問題，農委會近年來除委託國內研究單位加強開發有機廢棄物處理利用技術之外，並輔導各地區農會設置禽畜糞堆肥處理中心，推廣農民使用以農林漁牧有機廢棄物製成的有機質肥料來改良土壤性質、補充作物所需養分，取代部分化學肥料使用，並提高作物品質。為了推廣農民使用農牧廢棄物製成的有機質肥料，短期作物每公頃施用4公噸，補助4千元，長期作物每公頃施用8公噸，補助8千元，截至目前為止，累計已推廣約2萬1千公頃蔬菜及果園施用有機質肥料，對於提高作物品質甚有助益。
各種有機質肥料由於原料種類及製造過程的不同，其成分、品質以及肥效均差異甚大，建議農友在選購使用時應注意以下要點：
一、選購領有肥料登記證的有機質肥料產品，品質有保障。
二、選用經堆積腐熟的產品，可免影響環境衛生及施用後發酵產生有害物質為害作物，或與作物競爭養分。
三、認清有機質肥料袋上的原料與三要素等成分標示，依據作物的需肥量及有機質肥料的要素含量、要素釋放速率與施用量，酌量減少化學肥料用量，以免施肥過量，反而降低作物產量與品質。
四、斟酌施肥的成本與效益，選購價廉物美的產品，有機質肥料的價格高低不代表肥料的品質與肥效優劣。
五、輪替使用不同種類的有機質肥料，以免長期施用同一種肥料可能造成土壤中某種要素累積。每隔數年應採取土壤樣品，送請地區農業改良場或省農試所分析土壤肥力狀況，做為施肥改進的參考。